La primera mención auténtica de Kashgar se produjo durante el periodo de la dinastía Han, cuando los chinos conquistaron Hiungnu, Yutien (Khotan), Sulei (Kashgar) y un grupo de estados en la cuenca del río Tarim. Ocurrió en el año 76 a. C. En esa época, Kashgar aún no era conocida en occidente.

El país se convirtió al budismo y creció rápidamente al mismo tiempo que se desarrollaban las rutas comerciales entre Oriente y Occidente.

En el libro de Han, o historia de la época Han, que cubre el periodo comprendido entre 125 a. C. y el 23, se habla de que en Kashgar existían 1.510 casas, 18.647 habitantes y que 2.000 de ellas eran capaces de utilizar armas. Durante el periodo comprendido entre el año 25 y el 170, las viviendas aumentaron hasta las 21.000.

Kashgar, al igual que otros reinos del oeste, quedó bajo el dominio de los Xiongnu que se dedicaron a cobrar unos impuestos excesivos que los reinos no podían afrontar. A mediados del periodo Jianwu (25-55), los reinos mandaron a enviados para solicitar unirse el Reino del Medio y expresar su deseo de que se les concediera un Protector General. El emperador Guangwu (25-47) decidió que, puesto que el imperio aún no estaba del todo establecido, no tenía tiempo de dedicarse a asuntos externos por lo que negó su consentimiento.

Mientras, los Xiongnu se fueron debilitando. El rey de Suojo (Yarkand, de nombre Xian, destruyó diversos reinos. Tras la muerte de Xian, estos reinos se atacaron unos a otros. Xiao Yuan, Jingjue, Ronglu, y Qiemo fueron anexionados por Shanshan (la región de Lop Nor, con capital cerca de la moderna Ruoqiang). Qule y Pishan fueron conquistado por Yutian (Khotan). Yuli, Danhuan, Guhu y Wutanzili fueron destruidos por Jushi (Turfan) aunqu más tarde estos reinos quedaron restablecidos.

En el periodo entre 114 y 120, el rey Anguo de Kashgar exilió a su tío materno, Chenpan, y lo mandó con los Kushan. Anguo murió sin descendencia y su madre fue la encargada de gobernar el reino. Finalmente, fue su sobrino, hijo de Chenpan, quien quedó designado como heredero al trono de Kashgar.

Alrededor de 116, los kushan, bajo el gobierno de Kanishka, establecieron un reino centrado en Kashgar, que controlaba también Khotan y Yarkand, antiguas dependencias chinas de la cuenca de Tarim, en el actual Xinjiang. Introdujeron la escritura brahmi, el idioma indio prácrito para la administración y expandieron la influencia del arte grecobúdico que se desarrolló en el arte serindio.

Este periodo se caracteriza por la ausencia de información histórica sobre Kashgar y la cuenca del Tarim en general.

El Weilue, escrito en el segundo tercio del siglo III, menciona una serie de estado que dependía de Kashgar: el reino de Zhenzhong, el de Suojo, el de Jieshi, Qusha, Xiye, Yinai, Manli, Yire, Yuling, Juandu, Xiuxiu y Qin. Sin embargo, la información sobre las regiones del oeste contenida en el Weilue termina hacia el año 170, casi al final del periodo de los Han.

En el año 270, cuatro estados de las regiones del oeste tenían que presentar tributo: Karashahr, Turfan, Shanshan y Kucha. Algunos documentos en madera encontrados en la zona arqueológica de Niya indican también que estos contratos se mantuvieron con Kashgar y Khotan.

En el 442, Bilong, rey de Shanshan, llegó a una corte de "treinta y seis estados en las regiones del oeste". Se cree que entre estos estados estaba el de Kashgar.

En los inicios del siglo VI, Kashgar estaba dentro de los numerosos territorios controlados por los Yeda o Hunos blancos pero su imperio se derrumbó entre el 563 y el 567 tras un ataque violento de los Turcos del oeste que mantuvieron el control de Kashgar y otros estados en la cuenca del Tarim.

Los inicios de la dinastía Tang en el 618, vieron el inicio de una lucha prolongada entre China y los turcos del oeste para controlar la cuenca del Tarim.

En el 653, los anales de los Tang, hablan de una embajada en el reino de Kashgar,. En el 639 una segunda embajada que traía productos de Kashgar funcionaba como símbolo de sumisión.

Xuanzang pasó por Kashgar (a la que llamaba Ka-sha) en 644 en su viaje de regreso desde India hasta China. La religión budista, que por aquel entonces estaba en decadencia en la India, estaba en pleno esplendor en Kashgar. Los escritos de Xuanzang explican que en Kashgar se encontraban abundantes flores y frutas, y que tenían un lenguaje basado en el de la India pero diferente al de otros países. Los habitantes de Kashgar eran fervientes devotos del budismo y se podían encontrar algunos centenares de monasterios.

En el 646, cuando el emperador turco pidió la mano de una princesa china, el emperador reclamó como dote Kucha, Khotan, Kashgar, Sarikol y Karashahr, aunque este matrimonio no llegó a celebrarse.

En una serie de campañas entre el 652 y el 658, con la ayuda de los uigurs, los chinos derrotaron finalmente a los turcos del oeste y tomaron el control de todos sus dominios, incluyendo los de la cuenca del Tarim.

En el 662 estalló una rebelión en las regiones del oeste y el ejército chino acudió a la zona para protegerla. Fue derrotado por los tibetanos al sur de Kashgar. Tras otra derrota de las fuerzas chinas en el 670, los tibetanos tomaron el control de la región y subyugaron Kashgar en el 676. Mantuvieron el control sobre la ciudad hasta el 692, momento en el que China retomó el control de sus antiguas posesiones que mantuvo durante los siguientes 50 años.

En el siglo VIII llegó desde el oeste la invasión de los árabes. Kashgar y el Turkistán ayudaron a la reina regente Bokhara a repeler al enemigo. La religión musulmana se implantó en los estados independientes de Turkistán, convirtiéndose en una influencia cada vez más importante. Sin embargo, no fue hasta el siglo X que la religión musulmana se implantó en Kashgar.

Se cree que los uigures son descendientes de los Tolas, una de las tribus de origen túrquido que emigraron hacia China. El príncipe Boghra Khan, el más famoso de este pueblo, se convirtió al Islam a finales del siglo X. El reino uigur duró hasta 1120 pero estuvo siempre envuelto en peleas dinásticas. Los uigures empleaban un alfabeto basado en el sirio y tomado de los misioneros nestorianos.

El reino de los uigur quedó destruido por la invasión de los Kara-Khitai, otro pueblo de origen túrquido que, a su vez, fueron eliminados en 1219 por Gengis Kan. Esta invasión reforzó el desarrolló del credo musulmán.

Marco Polo visitó la ciudad, a la que llamaba Cascar, en el año 1273 o 1274. Los escritos de Polo señalan la presencia en la ciudad de numerosos cristianos que tenían sus propias iglesias de culto.

En el 1389-1390, Tamerlán destrozó Kashgar y Andijan. Kashgar entró en un periodo tormentoso y en 1514 fue destruida por Mirza Ababakar quien, con la ayuda de 10.000 hombres, construyó un nuevo fuerte con defensas masivas en la orilla del río Tuman. La dinastía de los Jagatai Kans se derrumbó en 1572 con el desmembramiento de los condados entre grupos rivales; aparecieron dos facciones de los Khoja, los montañeros blancos y negros, quienes, entre guerras y distensiones, llenan la historia de Kashgar hasta 1759.

En 1759, un ejército chino invadió Kashgar y, después de diversas masacres, consolidó finalmente su autoridad estableciendo una guarnición manchú y enviando a colonos chinos.

Los chinenes quería ampliar sus conquistas hasta Samarkanda, cuyos jefes solicitaron ayuda al rey afgano Ahmed Shah. Este monarca envió un emisario a Pekín para solicitar la restitución de los estados musulmanes de Asia central, pero este emisario no fue bienrecibido. Los chinos mantuvieron Kashgar con pequeñas interrupciones debido a revueltas musulmanas. La revuelta ocurrida en 1829 terminó con la concesión de importantes privilegios comerciales a los musulmanes en el distrito de Alty Shahr. Hasta 1846 se vivió en paz en la zona.

La gran revuelta Ttingani, o insurrección de los chinos musulmanes que se inició en 1862 en Kansuh, se extendió con rapidez por toda la cuenca del Tarim.

Las tropas Tungani masacraron en agosto de 1863 a miles de chinos, mientras que los habitantes de Kashgar, levantados contra sus amos, invocaron la ayuda de Sadik Beg, un jefe Kirguiz que envió tropas para ayudar a sus hermanos musulmanes en Kashgar.Sadik Beg marchó hacia Kashgar que había caído en manos de Buzurg Khan pero fue derrotado y regresó a Khokand.

Con la desaparición del gobierno chino en la zona en 1865 y la llegada al poder de Yakub Beg las industrias de Kashgar empezaron a decaer. Kashgar y otras ciudades de la cuenca del Tarim quedaron bajo el poder de Yakub Beg hasta 1877, año en el que murió y en el que los chinos retomaron el control de la ciudad.

En esta ciudad hay una casa llamada Chini-Bagh, la confortable residencia oficial de George Macartney (Consul británico) y actualmente hotel con el mismo nombre, mantiene sus 5 edificios originales. Aquí estubo Stein instalado en 1900.

Es una de las mayores de China en la que los viernes a la hora del rezo, puede albergar hasta un número de 10.000 fieles, llegado incluso de poblaciones cercanas. Se edificó en el año 1442, bajo el mandato de Abu Bakar, dominando la plaza central con una gran puerta rectangular flanqueada por dos agudos minaretes, en el centro de una fachada amarilla y blanca. El interior es un remanso de paz y su importancia radica en haber sido un importante Centro de Estudios Islámicos hace 400 años. Para esta visita las mujeres deben ir debidamente vestidas y con la cabeza cu­bierta.

Edificio del año 1640 es una reminiscencia del estilo artístico centro-asiá­tico de Samarcanda e Isfahan. El lugar es también conocido como la tumba Xiang Fei en memoria de la nieta de Abakh Khoja, Iparhan, que fue la concubina del emperador Qianlong de la dinastía Qin.

El tradicional mercado que se celebra los domingos en Kashgar y conocido localmente como Bazar, es uno de los más grandes de Asia. En él se pueden ver curiosas escenas perdidas ya para nosotros, como si se hubiera retrocedido unos cuantos siglos en el tiempo. Al lugar acuden personas de diferentes minorías de esta región Uyghurs, Tadjiks, Kirghiz, Kazakhs, Uzbecos, con sus diferenciadas vestimentas y a donde llegan en carreta con burro, a caballo o a pié comprando y vendiendo todo tipo de mercancías desde animales, frutas, ropa, objetos electrónicos y hasta artículos para la casa. Se puede pasar la mayor parte del día allí sumergiéndose en esas actividades. Es digno de ver cómo la comida, los animales, la ropa y objetos metálicos son comprados y vendidos en este enorme mercado al aire libre. Quizás la parte más interesante es la de la compra venta de animales donde se pueden presenciar acuerdos que como hace muchos años se siguen cerrando con un apretón de manos.