Samarcanda es una de las ciudades más antiguas del mundo aún habitadas. Dada su ubicación, Samarcanda prosperó debido a estar localizada en la ruta de la seda entre China y Europa. Llegó a ser una de las ciudades más grandes de Asia Central.

Cerca de Samarcanda se encuentra el sitio arqueológico de Afrasiab, ciudad precursora de Samarcanda que fue fundada en el siglo VII a. C. Samarcanda fue capital de la satrapía Sogdiana bajo la dinastía Aqueménida de Persia, cuando Alejandro Magno la conquistó hacia el 329 a. C. El historiador griego de la época imperial Arriano de Nicomedia describe que la ocupación de esta región no fue tarea fácil pues se opuso tenazmente a la a ser sometida, ya que tenía fácil defensa debido a su ciudadela como indica el historiador romano Quinto Curcio Rufo. Bajo el Imperio Sasánida, Samarcanda floreció hasta volverse una de las ciudades más importantes del Imperio Persa.

Aunque la región tenía lengua iraní, no estuvo políticamente unida con Irán entre los tiempos de Alejandro Magno y de la conquista musulmana de Persia. Los griegos se refirieren a ella como Maracanda. En el siglo VI es dentro de los dominios de un reino turco.

Al comienzo del siglo VIII Samarcanda fue sometida a control árabe. Bajo el poder del Abbasid, se obtiene el secreto de la fabricación de papel a partir de la confesión de dos prisioneros chinos capturados en la Batalla del Talas en el año 751, esto dio lugar a la primera fábrica de papel en el mundo islámico que se fundó en Samarcanda. La invención luego se extendió al resto del mundo islámico, y de ahí a Europa.

Del siglo VI al siglo XIII la ciudad creció y llegó a ser controlada por turcos del oeste, árabes, persas samaníes, turcos qarajanidas, turcos selyúcidas, karakitay, y khorezmidas, hasta ser saqueada por los mongoles de Gengis Kan en 1220. En esa época la ciudad se aproximaba al medio millón de habitantes, que es la cifra que alcanza en la actualidad. Una pequeña parte de la población sobrevivió, pero Samarcanda sufrió una vez más otro ataque mongol liderado por Khan Baraq para obtener tesoros para pagarle a su ejército. Tras varias décadas la ciudad se recuperó de estos desastres. En 1365 tuvo lugar una revuelta contra el dominio mongol ocurrió en Samarcanda.

El período timúrida fue el más significante para Samarcanda, entre los siglos XIV y XV. En 1370, Tamerlán decidió hacer de Samarcanda capital de su imperio que se extendía desde India hasta Turquía. Durante 35 años construyó una nueva ciudad, poblándola con artesanos de todas las regiones que había capturado. Tamerlán se ganó fama de sabio y generoso, y Samarcanda se convirtió el centro de la región de Transoxiana. Durante este tiempo la tenía una población de alrededor de 150.000. Un siglo después de los viajes de Marco Polo en la ruta de la seda, el embajador del rey castellano Enrique III, Ruy González de Clavijo llegó a Samarcanda en 1404, con la intención de crear una alianza con Tamerlán para guerrear contra los turcos, pero la prematura muerte de Tamerlán frustró estas intenciones, aún así todas estas experiencias fueron anotadas por González de Clavijo en el libro Embajada a Tamorlán. Como consecuencia de esta ilustre visita, existe un barrio en la ciudad llamado Madrid, primer nuevo Madrid y único en Asia.

En el 1499 los uzbekos se hacen con el control de Samarcanda. Los Shaybánidas surgen como los líderes uzbekos de la región. En el siglo XVI, los Shaybánidas trasladan su capital a Bujara y Samarcanda entra en declive.

Después de un asalto por parte del rey persa, Nadir Sah, la ciudad fue abandonada en el siglo XVIII, alrededor del 1720. Desde 1784 Samarcanda fue gobernado por los emires de Bujara.

La ciudad pasó a manos rusas después de que la ciudadela fuera tomada por una fuerza bajo el coronel Alexander Abramov en 1868. Poco después la pequeña guarnición rusa de 500 hombres fue sitiada. El asalto fue dirigido por Abdul Malik Tura, el hijo mayor del Emir de Bujara, pero fue derrotado sufriendo fuertes pérdidas. Abramov, que por entonces era general, se convirtió en el primer Gobernador de la Fuerzas Armadas que los rusos establecieron a lo largo del curso del río Zeravshan, con Samarcanda como centro administrativo. La parte rusa de la ciudad empezó a construirse a partir de esta fecha, en gran parte, al oeste de la ciudad vieja.

La ciudad se convirtió después en la capital del Turquestán ruso y creció en importancia sobre todo cuando el ferrocarril Trans-Caspio llegó a la ciudad en 1888. En 1925 se convirtió en la capital de la República Socialista Soviética de Uzbekistán (RSSU), antes de ser sustituida en 1930 por Taskent, la actual capital de Uzbekistán. En 1939 Samarcanda tenía una población de 134.346.

Este complejo de majestuosas medersas es el centro neurálgico de la ciudad y uno de los lugares más visitados del Asia Central. Fue el centro medieval del comercio en Samarkanda y la plaza se encontraba probablemente unida con el bazar. En la era de la restauración soviética se excavaron tres metros en la tierra para dejar a los edificios con su altura original, actualmente el Gobierno Uzbeco está acabando lo que los soviéticos empezaron. Este conjunto arquitectónico es uno de los máximos testimonios de arte, enteramente revestido de mayólicas esmaltadas.

Está situada en el ala oeste de la Plaza del Registan. Bajo el mandato de Ulughbek en el año 1420 se finalizó la construcción y se dice que éste, enseñaba aquí matemáticas y otras asignaturas como la teología, astronomía y filosofía. Justo al lado de las columnas estaban las aulas de lectura. Alrededor de 100 estudiantes vivían aquí en celdas dormitorio que en la actualidad se pueden visitar.

Se ubica enfrente de la Medersa Ulughbek y su construcción acabó en el año 1636. La decoración contiene dibujos de tigres rugiendo, contradiciendo la prohibición islámica de representar animales vivos. Este y algún otro edificio de la Plaza del Registan son imitaciones efectuadas bajo el mandato del Emir de Shaybanid.

Su nombre significa -Cubierta de Oro- y se encuentra entre la Medersa Ulughbek y la Medersa She Dor. Su edificación acabó en el año 1660. En el interior se puede apreciar un jardín semejante al patio de una mezquita. El edificio hexagonal en la esquina noreste del conjunto, es un mercado cubierto cuya antigüedad se remonta al pasado siglo.

Esta gigantesca mezquita se encuentra al norte del Registán, poderosa y con una forma extraordinaria, incluso en ruinas. Su construcción finalizó poco antes de la muerte del emperador Timur y debía de haber sido la joya de su imperio. El edificio es una víctima de su propia grandeza, llegando a ser en alguna ocasión una de las mayores mezquitas islámicas del mundo. La puerta principal mide 35 m. de alto, revolucionando en su día al máximo las técnicas de construcción. Con el paso de los años se fue deteriorando, para finalmente derrumbarse durante un terremoto en el año 1897.

Se encuentra alrededor de la mezquita de Bibi-Khanym. El colorista mercado de los granjeros, conocido como -Mercado de Siaba- es quizás uno de los mejores espectáculos de la ciudad. Como si de una torre de Babel se tratase, en él se pueden ver vestidos y túnicas, sombreros y turbantes de cualquier parte del país.

Quizás una de las más sorprendentes visitas en Samarkanda sea este complejo de monumentos funerarios, al este de Bibi Khanym. Su nombre Shahi-Zinda, significa Tumba de los Reyes Vivos. Se compone de un conjunto de templos y tranquilos panteones y lo que fue probablemente la tumba de Kusam-Ibn-Abbas, primo hermano del profeta Mahoma, del cual se cree trajo la doctrina islámica a esta zona. Es uno de los edificios más viejos de la ciudad y también un importante lugar de peregrinaje.

Se encuentra al nordeste de Shahi-Zinda. El en siglo XV vivió un gran científico, astrónomo y gobernador llamado Mirzo Ulugbek (1394-1449), nieto de Tamerlan y famoso por sus muchas investigaciones. La más relevante fue quizás el mapa del movimiento de los planetas. Construyó un observatorio, en el que trabajaba y desarrollaba este mapa. Ulugbek determinó que en un año hay 365 días, 6 horas, 10 minutos y 8 segundos, se equivocó solo en un minuto y unos segundos.