Las exploraciones del doctor Charcot en el Antártico, comenzadas en el marco del año antártico, se prolongaron mucho después. Embarcado primero en el Francais (1903-1905), hizo construir después el Pour quoi-Pas?, a cuyo bordo exploró sin interrupción las aguas polares y subpolares hasta 1936, fecha en la que el glorioso barco desapareció durante una tempestad al oeste de Islandia, con excepción de un solo hombre y de algunos restos, entre los cuales se hallaba el rótulo del navío con el lema: "Honor y Patria".
Charcot creó en Francia una tradición polar, y sus sucesores recordaron siempre con respeto aquel rostro enmarcado por blanca perilla y aquel carácter recto, bondadoso y firme. Merece bien el nombre de "caballero del Polo", como le denominó Robert F. Scott.
Doctor en medicina, hijo del famoso neurólogo de Salpétriére, J. B. Charcot se extrañaba de que la Francia de 1900 no estuviese representada entre los grandes países, vanguardia de la humanidad en las regiones polares; fue una época de marcado matiz prosaico en la que por fortuna no faltaron figuras destacadas semejante a la suya.
Consiguió reunir 450.000 francos e hizo construir en Saint-Malo, a Gauthier padre, un barco de 250 ton. que medía 32 por 7,50 m., conforme a las indicaciones que había recibido del marino belga Gerlache. La proa estaba reforzada, la quilla era oblicua, y se colocó en el barco una máquina de ocasión.
Además de Charcot, el estado mayor comprendía al alférez de navío Rey, al fotógrafo Pléneau, al naturalista Turquet, al geólogo Gourdon y al teniente de navío Matha, cuyo terreno era la hidrografía y la navegación. La tripulación fue contratada en conformidad a la tarifa corriente comercial; estaba formada por el patrón Cholet, los mecánicos Goudier y Poste, el contramaestre Jabet, los marineros Guéguen, Rolland, Hervéou, Besnard, el carpintero Libois, el conductor Guéguen, el cocinero Rozo y el mayordomo Paumelle; además, figuraba entre los ocupantes del barco Rallier du Baty, el cual, más adelante, llegó a Kerguelen con un cúter de 40 ton., tripulado por cuatro hombres. A borde del Francais iba también Dayné, guía de los Alpes.
Deploraba Charcot la costumbre francesa de beber un cuarto de vino en cada comida, estimando que las barricas formaban en la cala un estorbo inútil. Como buen humanista, incluyó en la biblioteca los grandes clásicos griegos, y autores tales como Dante, Cervantes, Swift, Saint Simon, Hugo, Michelet; vio con agrado que en las horas de descanso los hombres se entregaban a tales lecturas y que, como resultado, se mantenía alta su moral. Era Charcot hombre sensible como pocos, capaz de llorar la muerte del perro Sogen, y del cerdo Toby; en una ocasión tomó en sus brazos una foca de Weddell recién nacida con el mismo cuidado que si se tratase de un niño pequeño.
Originalmente fue concebida como una expedición de rescate para la Expedición Antártica Sueca, la labor principal de esta expedición fue el mapeo y la cartografía de las islas y las costas occidentales de la tierra de Graham en la península Antártica. Exploraron una sección de la costa y bautizaron la tierra de Loubet en honor del presidente de Francia.
Durante la segunda campaña exploró la Tierra de Alejandro I y divisó a lo lejos otra nueva tierra que llamó Loubet.
El 14 de enero de 1905, en el curso de la segunda campaña, el Francais rozó una roca a flor de agua y fue necesario arrancar los tabiques herméticos para transvasar el agua hacia la popa, en la que se encontraban las bombas.
El gobierno argentino rescató el barco y se encargó de las reparaciones, cuando el 5 de marzo de 1905 el Francais, que había recogido setenta y cinco cajas de colecciones científicas, logró llegar a un puerto de Patagonia. El barco se perdió después, en 1907, en el Plata. En el curso del primer viaje, Charcot examinó la costa oeste de Graham, completó los trazados de Gerlache, rectificó los del ballenero Dallmann, exploró el archipiélago Biscoe (1903-1904). La invernada tuvo lugar frente a la isla Wandel (65º 4' S., 64º 2' O.).
De regreso a Francia, ordenó construir un nuevo barco, también en Saint Malo y por Gauthier padre, cuyo importe fue de 780.000 francos oro. El nuevo buque se llamó Pourquoi-Pas? Desplazaba 800 ton., medía 40 por 9,20 m., con 4,30 m. de calado y su máquina era de 550 caballos.
Apenas llegado al Antártico, el nuevo barco de Charcot chocó con una roca en la isla Wiencke (60º 45' S., 63º 30' O.), y recibió graves daños en la quilla. Avería que luego fue causa de que los buzos moviesen dudosos la cabeza, pero que impidió a Charcot proseguir la realización de su programa.
Exploró la Tierra Loubet en 1908-1909, reconociendo que era la misma isla Adelaida de Biscoe, pero que se extendió más de 70 millas; descubrió otra tierra más al sur, hacia la base de la península de Graham, y la llamó Tierra Falliéres. Entre la isla Adelaida al norte, Falliéres al este y Alejandro I al sur, se extendía un golfo que llamó Margarita. Invernó luego frente a la isla Petermann (65º 10' S., 64º 14' O.).
Charcot regresó a los mismos parajes en 1909-1910, después de haber fracasado en una tentativa hacia la isla Joinville; en enero trazó la cartografía del archipiélago Palmer y avanzó una vez más en dirección sur. El día 11 vio surgir al oeste de Alejandro I una nueva tierra, que en la actualidad lleva el nombre de su padre, a 70º S. y 15º O. Después puso proa al oeste, hallando la isla de Pedro I de Bellingshausen (68º 20' N., 91º O.). Le detuvo el banco de hielo a 70º S., 108º O. Comenzaba a escasear el carbón y el Pourquoi-Pas? se dirigió a Punta Arenas.
El estado mayor del Pourquoi-Pas? comprendía entonces a los alféreces de navío Bongrain, Godfroy, J. Rouch, a los científicos Gourdon, Gain, Senouque, el doctor Liouville. Entre los veintidós hombres de la tripulación se contaban ocho hombres del Francais: Cholet, Jabet, Besnard, F. y J. Guéguen, Poste, Libois y Paumelle.
Los trabajos de Charcot en aquella región, los mapas trazados por sus expediciones, fueron prácticamente los únicos hasta 1935, cuando los ingleses comenzaron la exploración sistemática de la tierra Graham. Por otra parte, si en la actualidad Francia se ha interesado por la Tierra Adelia, es porque Charcot provocó, a partir de 1925-1926, la promulgación de decretos afirmando los derechos de Francia en aquel pequeño sector antártico.
En 1936, volviendo de una misión en Groenlandia para dejar material científico a Victor, el Pourquoi-Pas? se detuvo en Reikiavik para aprovisionarse de combustible.
El 15 de septiembre partió para Saint-Malo pero al día siguiente fue sorprendido por una violenta tormenta y naufragó en los arrecifes de Álftanes. 23 miembros de la tripulación se perdieron en el hundimiento mientras que 17 supervivientes acabaron muriendo antes de que pudiesen ser rescatados, sólo sobreviviendo uno, el timonel Eugène Gonidec. Jean-Baptiste Charcot fue uno de los fallecidos.
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